Gli specialisti del Papa Giovanni collaborano alle seguenti Reti di riferimento Europee (ERN) di Malattie Rare:

Le ERN sono reti transfrontaliere che riuniscono centri ospedalieri europei di qualità e con le competenze necessarie a trattare malattie e patologie rare, a bassa prevalenza e complesse che richiedono un'assistenza sanitaria altamente specializzata. Le ERN sono in totale 24 e coinvolgono oltre 300 ospedali appartenente a quasi 30 Paesi. Le ERN consentono agli specialisti in Europa di discutere i casi di pazienti affetti da malattie rare, a bassa prevalenza e complesse, fornendo consulenze sulla diagnosi più appropriata e sulle migliori cure disponibili. I singoli pazienti non possono rivolgersi direttamente alle ERN. Tuttavia, con il consenso del paziente, i prestatori di assistenza sanitaria possono scambiare informazioni e consultare il membro della rete competente ai sensi delle normative sanitarie nazionali, riducendo la necessità di spostamento da parte dei pazienti sul territorio dell'Unione Europea alla ricerca di diagnosi e cure adeguate. 
Tale collaborazione rappresenta uno stimolo e anche un mezzo per attività di ricerca clinica e non solo.